**文章题目：** 时空基因组分析揭示肠道化生在胃癌进展中的克隆动态

**发表时间：** 2023年12期刊名称：癌细胞影响因子：503

**实验平台：** 单细胞测序、GeoMx数字空间蛋白组学、全外显子测序（WES）、大规模RNA测序

**Panel：** 定制胃癌面板（277个基因，来源于TCGA及其他研究中涉及的胃、食道和结直肠癌相关突变基因）

01 样本信息

① 患者信息：2980名年龄在50岁及以上的中国患者

② 时间跨度：2004年至2015年

③ 取样区域：多个胃区域（幽门、胃体、贲门）

研究设计

02 单细胞空间组学的应用

在本研究中，单细胞测序首先对10名非癌症受试者进行了scRNA-seq分析，识别出4个主要细胞系，包括胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群和基质细胞群。研究重点放在胃和肠谱系的亚群注释上，最终确定了2种胃细胞及4种肠细胞的类型。细胞比例分析表明，肠道细胞和胃细胞的比例减少与肠道化生(IM)的严重程度相关。此外，SOX9基因在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中的表达水平显著增高。

GeoMx数字空间蛋白组学方面，选取了8名胃癌患者的组织切片进行DSP检测，并结合scRNA-seq数据确定细胞类型的空间分布。每个肠道化生(IM)区域被标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析发现，干细胞显性IM区域中氧化磷酸化相关基因集的表达显著，并且这些基因集在胃癌区域也同样有显著表达。通过肠干细胞和肠细胞的标记物进行分层聚类，发现干细胞显性IM与胃癌细胞群表现出相似的表达特征，而肠细胞主导型IM则显示出显著的异质性，表明即使在同一受试者中，IM的表现形式也存在明显差异。

文章小结

本研究通过联合单细胞空间数据分析，明确了肠道细胞、胃细胞与肠道化生严重程度的关联，表明干细胞显性IM与恶性细胞群在表达特征上具有相似性。其中，SOX9在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中的高表达亦印证了这一点。

在未来研究中，借助尊龙凯时的先进技术，或将进一步揭示肠道化生及其在胃癌进展中的独特角色，推动精准医疗的发展。